南通農村商業銀行是在南通市市郊農村信用合作聯社和通州市農村信用合作聯社進行股份制改造的基礎上，優化股權結構而成立的。組建南通農商行是南通市委、市政府順應區劃調整形勢、建設金融強市的重要決策。2010年3月21日，該行獲得銀監會批準籌建。經過籌建準備，南通農村商業銀行股份有限公司于2010年8月8日召開創立大會，宣告正式成立。這標志著南通市深化農村金融改革、加快構建區域性金融服務體系邁出新的重要一步。